Nel 2009, Regina, un agente dell'organizzazione segreta S.O.R.T. viene mandata con altri tre agenti in una base militare segreta su Ibis Island nella Repubblica di Borginia. Tom, un altro agente della S.O.R.T., si trovava precedentemente su Ibis Island in cerca di informazioni su delle armi di nuovo genere, segretissime, che sarebbero state prodotte lì. Tom aveva poi fatto rapporto presentando notizie molto interessanti. Il Dottor Edward Kirk, dato per morto in seguito a un incidente di laboratorio circa tre anni prima era in realtà vivo, e si trovava su Ibis Island, messo a capo di un progetto non bellico.
La sua morte era stata apparentemente inscenata di proposito e la Repubblica di Borginia sembrava essere in qualche modo coinvolta nel fatto. Tom richiede così l'adozione di adeguate contromisure, e la S.O.R.T. decide di inviare una squadra per prendere in custodia il Dottor Kirk, in quella che sembrava dover essere una semplice missione di prelievo.
Regina e la sua squadra vengono paracadutati sull'isola. La squadra è formata, oltre che da Regina, dal caposquadra Gail, un agente veterano freddo e calcolatore, e Rick, l'esperto di informatica.
Il quarto agente, Cooper, era stato sospinto da un colpo di vento, nel bel mezzo della giungla, piuttosto lontano dalla base militare, e viene divorato da un Tirannosauro.
Regina e Rick vorrebbero aspettare Cooper, ma Gail conclude subito che non c'è tempo per aspettare, e ordina di muoversi.
Così ha inizio la missione.
La squadra giunge alla Base di Ibis Island, e trova tutto in sfacelo. Recinzioni distrutte, l'entrata posteriore scardinata, macchie di sangue ovunque, e luci fuori uso nei posti di guardia. Rick decide di esplorare la base, lasciando Regina e Gail liberi di perlustrare l'esterno.
Dopo aver ripristinato l'energia elettrica, Regina sente rumore di spari, e le urla di Gail. Accorre, ma non trova Gail da nessuna parte, e attaccata da un Velociraptor si affretta a entrare nella base per trovare Rick e lasciare l'isola.
All'interno, la struttura sembra essere deserta, eccezion fatta per pochi cadaveri, ma è infestata di Velociraptor. Regina incontra Rick nella sala di controllo e decide di perlustrare la Base in cerca del Dottor Kirk, mentre Rick sarebbe rimasto lì a controllare la situazione e spegnere il sistema d'allarme. Al piano superiore Regina trova un sopravvissuto gravemente ferito che le fornisce alcune informazioni su Kirk, ma prima che possa finire un Tirannosauro sfonda la finestra con la testa e divora il sopravvissuto. Dopo un breve scontro con il colosso, Regina scopre di non poter trovare Kirk da nessuna parte. Durante la ricerca viene attaccata da un raptor, ma viene salvata da Gail, che era sopravvissuto all'attacco precedente la sua scomparsa.
Nella sala di controllo, Rick attiva i comandi per i sotterranei, e riceve una chiamata di aiuto da Tom, che si trova ancora all'esterno della base. Gail non vuole discostarsi dalla missione, ma Rick vuole andare da Tom. Dopo un acceso diverbio, i due si separano, e Regina deve scegliere chi seguire (deciderà il giocatore). Regina, se segue Rick, poi viene però attaccata da uno Pterodattilo, appena prima di incontrare Tom, gravemente ferito. Prendono poi un ascensore per raggiungere i sotterranei. Regina ve quindi a cercare Gail, mentre Rick rimane con Tom nell'infermeria; qui Tom viene attaccato e ucciso da un raptor. Regina ritrova Gail e insieme trovano il laboratorio del Dottor Kirk, che però se n'è già andato.
Regina utilizza un passaggio sotto il laboratorio per raggiungere Kirk. Gail, quindi, porta il Dottor Kirk da Rick e se ne va, sostenendo di avere una faccenda da sistemare.
Regina sale poi al secondo piano, dove richiede l'invio di un elicottero, e ha in seguito un altro brutto incontro con il tirannosauro. Riesce quindi a fuggire verso l'eliporto, dove la attendono Kirk e Rick, mentre Gail ancora non si è visto. A questo punto l'elicotero arriva, ma viene distrutto dal tirannosauro, nello scontro seguente, Kirk fugge. Regina e Rick prendono un ascensore che li porta in una zona della base, poi andranno nel livello S3 dove, dopo che siano andati a salvare inutilmente delle persone, irrompe il T-Rex, che divora il generatore e rimane stordito.
Regina trova quindi Kirk, che le rivela che la causa di tutto è la sua nuova scoperta, chiamata Terza Energia, che può trasportare attraverso il tempo creature viventi, in questo caso dinosauri, dalle epoche passate al presente. Kirk cerca poi di uccidere Regina, ma Gail riappare e lo disarma prima che possa sparare. Gail accetta di sorvegliare Kirk mentre Regina si affretta a trovare Stabilizzatore e Inizializzatore in modo da poter sovraccaricare la Terza Energia e creare una via di fuga. Durante il sovraccarico Gail viene gravemente ferito dalla caduta di una conduttura, e Kirk può fuggire, ma non prima che Gail lo abbia colpito con una trasmittente. Regina e Gail inseguono Kirk e riescono a catturarlo. Gail rivela che l'intera missione era in realtà una copertura per cercare informazioni sul possibile sfruttamento della Terza Energia come arma, e consegna a Regina un dischetto contenente tutte le informazioni che aveva raccolto. Regina, Rick e Kirk riescono a raggiungere un deposito navale, dove prendono un hovercraft, con cui discendono lungo un tunnel verso la fuga. Mentre il sovraccarico fa crollare l'intera struttura, il tirannosauro fa un'ulteriore apparizione, in cui Regina lo colpisce con un lancia granate dal tetto dell'hovercraft. Arriva poi una grande esplosione, mentre mezza Ibis Island viene trasportata in un'altra epoca dalla Terza Energia. Regina, Rick e Kirk riescono a sfuggire all'esplosione, per essere poi ancora attaccati dal Tirannosauro.
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